【回答】
　ヒトを含む哺乳類は, 出生前の子宮内では無菌動物です。出生してから, いわゆる正常細菌叢をもつことになる訳ですが, この正常細菌叢自体, 外因性のものです。Clostridium difficile (CD) は自然界に広く分布しています。土壌, 乾草, 砂, 各種哺乳動物の糞便などです。胎児が出生し, 新生児となると, 生後1年以内に約半数の子供は無症候性の保菌者になります。これが生後2年程経過すると, 保菌率は4%未満にまで減ってきます。成人になり, 抗菌剤投与を受けると保菌率は50%近くになります。この保菌率の上昇にはふたつの成因があります。病院環境では特にCD胞子が拡がりやすく, 医療従事者が介する交差感染もあるという外因性のものと, 内因性のものとして質問者が指摘している菌交代現象があります。しかし菌交代現象は, 少数であっても患者があらかじめCDを保菌していることが前提となります。