【回答】
　以下に, 簡潔にお答え申し上げます。ご存知のことと思いますが, 一対のプライマ−あるいは片側のプライマ−同士を, 合成される進行方向に向かい合わせた時 (プライマ−の5´末端を両端に配置させ, 3´末端を内側向きにする), 両プライマ−の3´が相補的に結合するか否か, またヘアピン構造を取り得るか否かをコンピュ−タ−上に描出させるソフトはあります。しかし, これは実際に手で書くのと同じことです。
さて, 実際にご自身でデザインしたプライマ−が, 反応液中でプライマ−ダイマ−やヘアピンを構造をとっているか否かは, 反応液中の塩濃度やグリセロ−ルの有無などの条件を別個に加味する必要があり, これらの条件をインプットした際に, プライマ−ダイマ−やヘアピン構造をとり得るか否かをグラフィックに描画できるソフトは, 私の勉強不足かも知れませんが, 恐らくないのではと思います (確かに, Tm値を求めるソフトはありますが)。と言いますのは, 理論的にプライマ−同士が高次構造をとったとしても, 影響を与える程度は, 実際に行なうPCRの条件下 (特にアニ−リング) でさらに異なるからです。私の想像では, GとCがほとんどを占めるプライマ−の場合は別として, そうでない限りヘアピン構造はPCRにはほとんど影響はないと考えます。