【回答】結核菌の菌株を識別するために遺伝子解析を行う際, 一般的によく行われる方法はRFLP（restriction flagment length polymorphism）という方法です。染色体DNAを制限酵素（PvuII）で切断し, アガロースゲルに流します。それをナイロンメンブレンにサザンブロットし, プローブに挿入配列（IS-6100）を用いハイブリダイゼーションを行います。IS-6100は結核菌の染色体上に複数存在するので, ハイブリダイゼーションしたIS-6100のバンドの位置によって菌株が識別されます。

次にクラスターですが, これは房という意味で, お互いに近縁関係の強い菌株同士の集まりを指します。RFLPで得られたそれぞれの菌株を, お互いにハイブリダイゼーションしたIS-6100のバンドの位置を比べ, お互いの菌株で何％一致しているかを比較するわけです。たとえば100株でこの解析をする場合, お互いに比べ合うわけですから, 100のうちから2個選ぶ組み合わせの数だけ解析しなければなりません。実際は解析ソフト (米国ゾルテック社など) を用いて行います。お互いに何％一致しているかを図 (系統樹) に表わすと, ちょうど一致率が高い株すなわち近縁関係にある株同士が房 (クラスター) を作るわけです。実際の系統樹については, 結核研究所の阿部先生か高橋先生がこの方面の権威ですので, お訪ねになるとよいと思います。